Il Rettore è la più alta autorità accademica ed è nominato dal Consiglio d'Amministrazione tra i professori ordinari che abbiano almeno cinque anni di anzianità di ruolo nell’Università Cattolica, nell’ambito di una rosa di nomi composta da cinque nominativi, deliberata dal Senato accademico sulla base delle designazioni espresse dai Consigli di Facoltà.

ll Rettore rappresenta legalmente l'Università, convoca e presiede il Consiglio di amministrazione, il Comitato direttivo, il Senato accademico e la Consulta di Ateneo. Promuove la convergenza dell'operato di tutte le componenti la comunità universitaria per il conseguimento dei fini propri dell'Università Cattolica. Emana con propri decreti lo Statuto e le modifiche allo stesso deliberate dagli organi predetti. Può nominare uno o più Prorettori ai quali può delegare l'esercizio di funzioni determinate. Rimane in carica per quattro anni ed è riconfermabile per non più di due mandati consecutivi.

Già Prorettore dall’anno accademico 2004/05 e Prorettore vicario dal 2010 al 2012, il professor  Franco Anelli è Rettore dell'Università Cattolica del Sacro Cuore dal 1° gennaio 2013. Laureatosi in Giurisprudenza nella Sede di Milano, dopo il dottorato di ricerca in Diritto commerciale, è divenuto professore associato di Istituzioni di Diritto privato presso la facoltà di Economia e commercio nel 1993, e quindi professore straordinario nella facoltà di Giurisprudenza dell'Università degli Studi di Parma nel 1996.

Ritornato in Università Cattolica nel 1997, è attualmente ordinario di Istituzioni di Diritto privato presso la Facoltà di Giurisprudenza.
Inoltre è Vice-Presidente della Fondazione E4Impact, e tra i componenti del Consiglio di Amministrazione della Fondazione Policlinico Universitario “A. Gemelli” IRCCS e di “Avvenire Nuova Editoriale Italiana S.p.A.”

Il professor Anelli è l’ottavo Rettore nella storia dell’Ateneo fondato da Padre Gemelli nel 1921. Dalla fondazione a oggi, hanno ricoperto l’incarico Padre Agostino Gemelli (1921-1959), Francesco Vito (1959-1965), Ezio Franceschini (1965-1968), Giuseppe Lazzati (1968-1983), Adriano Bausola (1983-1998), Sergio Zaninelli (1998-2002), Lorenzo Ornaghi (2002 -2012).